|
نوع الوثيقة |
: |
رسالة جامعية |
|
عنوان الوثيقة |
: |
الجينوم الكلى والتكيف الوراثى للنوع سيدوموناس اتجاه النفط الخام Whole genome & Genetic Adaptation of Pseudomonas sp. Toward Crude Oil |
|
الموضوع |
: |
كلية العلوم |
|
لغة الوثيقة |
: |
العربية |
|
المستخلص |
: |
بسبب قدرتها على التحليل الحيوي للمركبات الاروماتيه والأليفاتية تعتبر جنس سيدوموناس ذو إمكانيات عالية على تحليل النفط الخام بالإضافة الى الملوثات الأخرى. الهدف من هذه الدراسة هو تحديد تتابع وتحليل الجينوم الكلى لسلاله Pseudomonas sp. S5 وقدرة الجينوم الخاص بها على التكيف اتجاه النفط الخام. ولتحديد التسلسل الجينومى تم استخدام تقنية PacBio Denovo Assembly بالإضافة الى برنامج FastQC للتحقق من مدى كفاءة التسلسل الجينومى. كما تم استخدام برنامج Prokka وPatrice serverلتحديد الجينات الموجودة على الجينوم وبرنامج CGView server لرسم خريطه توضيحية للجينوم. كما تم استخدام لتحديد وظائف الجينات وكذلك معرفة الجينات المشاركة في تكسير مكونات النفط الخام. ولمقارنة الجينات الأساسية وكذلك الجينات الأخرى مع الجينوم لسلالات أخرى تم استخدام منصة. ولتحديد الوضع التقسيمي للسلالة تم استخدام منصة وتحديد السلالات القريبة لها، كما تم استخدام تقنية التهجين الرقمي لتحديد نوع السلالة البكتيرية رقميا. كما تم استخدام أطلس الجينوم البكتيري لتجديد متوسط التشابه النكليوتيدى، ومتوسط التشابه للأحماض الأمينية. وكانت النتائج كالتالي 3 Contigsالتتابع الكلى pb 4365230 تشفر الى 4023 جين CDS و63tRNA حامض نووي ريبوسى ناقل وrRNA12 حامض نووي ريبوسى. كما تدعم النتائج ارتباط السلالة Pseudomonas sp. S5 بالسلالة Pseudomonas balearica. ويشير تحديد وظائف الجينات الى وجود جينات لها القدرة على تحليل مركبات النفط الخام وهي alkane 1-monooxygenease (AlkB1, AlkB2), halobenzoate 1,2-dioxygenase large subunit, cytochrome P450, toluene 1.2-dioxygenase alpha subunit, toluene 1.2-dioxygenase beta subunit, halobenzoate 1,2-dioxygenase small subunit, benzoate/toluate 1,2-dioxygenate reductase component, dihydroxycyclohexadiene carboxylate dehydrogenase component, xylene monooxygenase electron transfer subunit, xylene monooxygenase hydrolase subunit, octaprenylphenol hydroxylase and Nitrite reductase [NADPH] مع غياب لجين toluene dioxygenase. وبالتالي نستنتج ان السلالة لها القدرة على تحليل النفط الخام كما ان الجينوم الخاص بها يساعد على فهم ميكانيكية التأقلم للبكتريا في البيئات القاسية مثل النفط الخام وبالتالي تمكنا من استخدام البكتيريا في المعالجة الحيوية للملوثات. |
|
المشرف |
: |
د. ياسر أنور الحق |
|
نوع الرسالة |
: |
رسالة ماجستير |
|
سنة النشر |
: |
1444 هـ
2023 م |
|
تاريخ الاضافة على الموقع |
: |
Tuesday, July 18, 2023 |
|
الباحثون
| حمدى نصر عيسى | Issa, Hamdy Nasr | باحث | ماجستير | |
|