تفاصيل الوثيقة

نوع الوثيقة : رسالة جامعية 
عنوان الوثيقة :
تحديد التباين الوراثي لمتلازمة هارادا في المرضى السعوديين باستخدام تسلسل الاكسوم
IDENTIFYING GENETIC VARIATION UNDERLYING VOGT-KOYANAGI-HARADA (VKH) IN SAUDI PATIENTS USING EXOME SEQUENCING
 
الموضوع : كلية العلوم 
لغة الوثيقة : العربية 
المستخلص : متلازمة هارادا هو مرض مناعي ذاتي للخلايا المنتجة للصبغة. يعتبر المرض نادرًا جدًا في السكان ويؤثر بشكل أساسي على الأشخاص الذين لديهم بشرة غامقة او سمراء. متلازمة هارادا هو مرض متعدد العوامل والسبب الدقيق لمرض متلازمة هارادا غير معروف. جميع الدراسات السابقة استخدمت دراسة الارتباط (ارتباط الجينات ذات الصلة / حالة الأليل المرشح بالإضافة إلى الارتباط على نطاق الجينوم) لفك دور العناصر الجينية في مسببات متلازمة هارادا. ومع ذلك، فإن علم الوراثة الكامن وراء متلازمة هارادا لا يزال غير واضح. في هذه الدراسة، تم استخدام نهج تسلسل عميق لتسلسل جميع جينات التشفير بالكامل (نهج تسلسل إكسوم بالكامل - نهج WES) من الجينوم البشري في مرضى متلازمة هارادا. تم جمع 17 عينة من مرضى متلازمة هارادا من منطقة المدينة المنورة بالمملكة العربية السعودية. تم فحص هؤلاء المرضى سريريًا من قبل استشاري طب العيون وتم التشخيصهم سريريا. تم استخلاص DNA باستخدام مجموعة متاحة تجاريًا وتم قياس تركيز DNA . من أصل 17 مريضًا، تم إخضاع 5 عينات من DNA لـ WES باستخدام مجموعة أدوات إعداد مكتبة whole exome متبوعة بتوليد الكتلة وتسلسل النهايات المتقطعة على جهاز Illumina NextSeq500. تم إنشاء قراءات عالية الجودة والتي تم محاذاتها ومقارنتها بالجينوم البشري المرجعي (GRCh38 / hg38). تم إجراء المقارنات وتحديد المتغيرات باستخدام برامج BWA (Burrows-Wheeler Alignment) وGATK (مجموعة أدوات تحليل الجينوم). تم الحصول على قائمة تضم حوالي 90.000 متغير في المتوسط عبر كل عينة. تم وضع علامة على هذه المتغيرات باستخدام أدوات قياسية متبوعة بالترشيح باستخدام قواعد بيانات التكرار في السكان. فقط المتغيرات النادرة ستحتفظ بتكرار السكان أقل من 0.005 (<0.005) والمتغيرات غير المترادفة مثل تغيير إطار القراءة، خطأ القراءة، ومتغيرات موقع لصق اثناء عملية النسخ والترجمة. أسفر هذا التحليل عن 100 متغير تقريبًا في المتوسط لكل عينة.الكشف عن المتغيرات المشتركة في جميع العينات حيث وجد 55 متغيرًا مشتركا في 22 جينًا. تم تحديد أولويات هذه الجينات بناءً على تعبيرها وبياناتها الوظيفية المتاحة في متصفح جينوم UCSC (جامعة كاليفورنيا، سانتا كروز) وتم اختيار فقط تلك الجينات ذات التعبير المعروف في الجلد والعين والدماغ والأذن. كما تم النظر في الجينات غير المميزة. هذا أدى إلى تحديد 15 متغيرًا في 6 جينات مرشحة ذات صلة بالمرض. الجينات الستة المرشحة لـ متلازمة هارادا المحددة في هذه الدراسة هي FLJ22184 وANKRD20A1 و PRIM2 و ZNF717 و FAM86B2 و RFPL4A، والطفرات الوراثية قد تكون سببا في التغير الجيني لها. FLJ22184 يشفر RNA طويل غير مشفر ، و ZNF717 يشفر عامل النسخ. تم وصف دور lncRNAs وعوامل النسخ في متلازمة هارادا بالفعل من خلال دراسات مختلفة. يقوم PRIM2 بترميز وحدة فرعية أساسية وتم ربط المتغيرات في هذا الجين باضطراب التصبغ. ANKRD20A1 و FAM86B2 و RFPL4A هي جينات غير مميزة وهناك حاجة إلى دراسات وظيفية لتحديد دورها الدقيق في صحة الإنسان والمرض. 
المشرف : د. نجلاءعلي محمد البرعي 
نوع الرسالة : رسالة ماجستير 
سنة النشر : 1441 هـ
2020 م 
تاريخ الاضافة على الموقع : Friday, June 26, 2020 

الباحثون

اسم الباحث (عربي)اسم الباحث (انجليزي)نوع الباحثالمرتبة العلميةالبريد الالكتروني
علياء محمود البلويAlbalawi, Alia Mahmoudباحثماجستير 

الملفات

اسم الملفالنوعالوصف
 46529.pdf pdf 

الرجوع إلى صفحة الأبحاث